عملکرد اصلی آزمایشگاه میکروبیولوژی بالینی، کمک به تشخیص و درمان بیماریهای عفونی از طریق کشت نمونههای مشکوک به عفونت به منظور بررسی میکروارگانیسمها، شناسایی دقیق گونههای جدا شده، انجام آزمایش حساسیت به آنتیبیوتیکها (AST)، ارزیابی نمونههای سرولوژیکی و آزمایشهای مستقیم انگلشناسی و قارچشناسی برای بیماریهای عفونی است.
بخش میکروبشناسی در آزمایشگاههای تشخیص طبی، بهدلیل وابستگی این بخش به کار عملی بر روی نمونههای بالینی و تشخیص نهایی، میکروبشناسی نیاز به نظارت روزانه از سوی مسئول متخصص دارد تا همه گزینههای دخیل در تشخیص نهایی نتایج بیماران دور از خطا و تحت برنامههای کنترلی باشند.
بخش میکروبیولوژی همچنین دارای قسمتهای مجزای کشت میکروبی، محیطسازی، انکوباسیون و استریلیزاسیون است. همچنین کشت مایعات و ترشحات بدن در شرایط استریل در محیطهای کشت میکروبی، و رنگآمیزیها و آزمایشهای مستقیم باکتریشناسی در این بخش برای جستجوی عامل بیماریزا انجام میگردد. پس از شناسایی عوامل بیماریزا، آزمایش آنتیبیوگرام انجام شده و حساسیت عوامل بیماریزا نسبت به آنتیبیوتیکهای مختلف مورد بررسی قرار میگیرد.
در بخش میکروبیولوژی آزمایشگاه میلاد اصفهان، نمونهبرداری با رعایت شرایط استریل و از زخم و ضایعات پوستی، چشم، گوش، بینی، گلو و سایر نقاط بدن انجام میگیرد
بخش میکروب شناسی آزمایشگاه میلاد با به کار گیری بهترین متریال مورد تایید وزارت بهداشت و با بکارگیری دانش پرسنل مجرب اقدام به انجام کلیه کشت های مایعات بدن جهت تشخیص بیماری های عفونی بر طبق استاندارهای بروز CLSI می نماید. اجرای برنامه کنترل کیفی دقیق روزانه بر اساس استانداردهای علمی و استفاده از تخصص و تجربه پرسنل این بخش، در کنار بکارگیری مواد اولیه معتبر در آزمایشگاه میلاد، امکان تشخیص صحیح، به موقع و مؤثر بیماریهای عفونی را فراهم کرده است.
خیر، نیازی به گرفتن وقت قبلی وجود ندارد، فقط تعداد بسیار اندکی از آزمایشات نیاز به آمادگی خاص در روز معین دارند که در این موارد میتوانید از طریق تلفن از شرایط و زمان نمونه گیری اطلاع حاصل فرمائید.
نمونهگیری برای کشت ادرار باید در شرایطی انجام شود که احتمال آلودگی با فلور نرمال پوست یا مخاط مجرای ادراری–تناسلی به حداقل برسد و همزمان، حساسیت تشخیص عفونت واقعی (بهویژه عفونتهای دستگاه ادراری پایین یا بالا) حفظ شود.
ترجیحاً قبل از شروع یا تعویض آنتیبیوتیک صورت گیرد، چون مصرف آنتیبیوتیک حتی یک باره میتواند منجر به منفی کاذب شود. مهمترین روش استاندارد، جمعآوری ادرار میانریز (midstream clean-catch urine) است: بیمار پس از شستوشوی دستها، آلت تناسلی را با آب و صابون تمیز کرده، سپس (در زنان: لابیا را به سمت عقب کشیده و در مردان: سر آلت را کاملاً باز میکنند)، ابتدا حدود 10 تا 20 میلیلیتر ادرار را دور ریخته و سپس بدون قطع جریان ادرار، نمونهای حدود 10 تا 15 میلیلیتری را مستقیماً در یک ظرف استریل (بدون تماس لبه ظرف با پوست) جمعآوری میکند. در مواردی که رعایت این روش غیرممکن است (مثلاً در بیماران کاتتریزه، بیهوش، یا با اختلال شدید شناختی)، از ادرار کاتتریزه بهصورت ساکشن از لوله کاتتر (نه کیسه ادرار!) استفاده میشود و در نوزادان، جمعآوری با کیسه ضد عفونی پوست تنها زمانی قابل قبول است که همراه با شستوشوی دقیق پوست و تأیید عدم آلودگی باشد، ولی این روش به دلیل خطر بالای آلودگی، تنها در صورت عدم امکان کاتتریزاسیون یا سوپراپوبیک آسپیراسیون توصیه میشود.
حجم مناسب نمونه برای کشت، حداقل 3 تا 5 میلیلیتر است، اما حجم 10 میلیلیتر ایدهآل محسوب میشود تا هم برای انجام کشت روی محیطهای جامد (مانند Blood agar و MacConkey agar) و هم برای سانتریفیوژ در صورت نیاز (مثلاً برای بررسی رسوب ادرار در کنار کشت) استفاده شود.
جمعآوری نمونه، صبح زودهنگام است، چراکه ادرار طی شب تجمع بیشتری داشته و غلظت میکروبها در آن افزایش مییابد.از نظر زمان ارسال نمونه، تأخیر بیش از دو ساعت در ارسال به آزمایشگاه بدون نگهداری در دمای 2 تا 8 درجه سانتیگراد (یخچال) منجر به تکثیر باکتریهای آلودهکننده (بهویژه Lactobacillus یا Enterococcus غیربیماریزا) و افزایش pH ادرار میشود، که میتواند هم نتیجه کشت را تغییر دهد و هم تفسیر آن را دشوار کند؛ بنابراین در صورت تأخیر، نمونه باید بهسرعت در یخچال نگهداری شود، اما حتی در این حالت، حداکثر مدت قابل قبول تا 24 ساعت است و ترجیحاً کمتر. باید توجه داشت که نمونهگیری از کیسه ادرار یا ظرف غیراستریل، یا عدم رعایت ترتیب میانریز، ریسک بالای آلودگی را به همراه دارد و ممکن است منجر به گزارش Coagulase-negative Staphylococci، Diphtheroids، Lactobacillus یا Enterococcus بدون علائم بالینی شود که در این موارد، تکرار نمونه با رعایت دقیق پروتکل ضروری است. در نهایت، در بیماران با علائم شدید (مثل لنفوسیتهای ادراری، لنفانژیت، یا سپسیس ادراری)، یا در افراد پرخطر (سیستم ایمنی تضعیفشده، بارداری، بیماری مزمن کلیه، یا وجود دستگاه ادراری غیرطبیعی)، حتی کشتی با شمارش کمتر از آستانه رایج (10⁵ CFU/mL) — مثلاً 10² تا 10⁴ CFU/mL میتواند معنادار باشد، بهویژه اگر با E. coli، Klebsiella یا Proteus همراه باشند و یافتههای بالینی و آزمایشگاهی دیگر (مثل لکوسیتاوری، نیتریت مثبت) آن را تأیید کنند.
باکتریمی (باکتری در خون) و فونگمی (قارچ در خون) در بیماران با علائم سیستمیک (مثل تب، لرز، هیپوتانسیون، نارسایی چندعضوی) یا در شرایط خاص (مثل آندوکاردیت، سپسیس، نئوتروپنی، دستگاههای تهاجمی مثل کاتترهای مرکزی یا پروتزهای دریچهای).
به صورت استریل، قبل از شروع آنتیبیوتیک (در صورت امکان)
معمولاً 2 جفت (یعنی 2 نمونه از دو سایت متفاوت، هر کدام شامل یک لوله هوازی و یک لوله بیهوازی)
-در شک به آندوکاردیت: 3 جفت در 24–48 ساعت (هر 6–12 ساعت یک جفت).
-در نئوتروپنی: حتی یک جفت کافی نیست و حداقل 2 جفت توصیه میشود.
تشخیص:
نمونهگیری با سواب از گوش، بینی و گلو باید با هدف جمعآوری مواد بیولوژیکی از محل واقعی التهاب یا ترشحات عفونی انجام شود، نه صرفاً از سطح مخاط سالم؛ به همین دلیل، تنها استفاده از سواب استریل کافی نیست، بلکه نحوه نمونهگیری، زمان و محیط انتقال، نقش تعیینکنندهای در صحت نتیجه دارند.
گلو، سواب باید از سطح لوزهها، قوسهای لوزهای و هرگونه اگزودای سفید یا مناطق اریتماتوز جمعآوری شود، بدون تماس با زبان یا سطح داخلی گونهها که فلور نرمال را معرفی میکنند؛ استفاده از دپرسور زبان برای دید بهتر ضروری است.
بینی، در صورت شک به S. aureus (مثلاً قبل از جراحی یا در شیوع MRSA)، سواب از مخاط قدامی دو حفره بینی، در عمق حدود 1–2 سانتیمتر و با چرخش ملایم برای جمعآوری سلولهای مخاطی گرفته میشود؛ ولی در شک به سینوزیت عفونی یا دریچههای نازوفارنکس (مثلاً برای Bordetella pertussis یا ویروسها)، نیاز به نازوفارنژئال سواب (نازوفارنژئال اسپکیمن) است که با سواب بلند (مثل سواب فیبری نرم با سر آلومینیومی یا پلاستیکی) از طریق بینی به عمق حلق (حدود فاصله نوک بینی تا گوش) رسانده و پس از چند ثانیه ماندگاری، خارج میشود این روش حساسیت بالاتری برای تشخیص B. pertussis یا ویروسهای تنفسی نسبت به اُروفارنژئال سواب دارد. گوش، در صورت وجود ترشح (اُتوره)، سواب باید از عمق مجرای گوش خارجی، ترجیحاً پس از تخلیه ترشحات سطحی با گاز استریل، و در تماس با دیواره مجرای گوش یا لبه پرده گوش (در صورت پارگی) جمعآوری شود. در گوش سالم یا بدون ترشح، سوابگیری توصیه نمیشود، چون فلور پوستی خارجی (مثل S. epidermidis یا Corynebacterium) غالب خواهد بود.
در تمام این موارد، زمان نمونهگیری ترجیحاً قبل از شروع آنتیبیوتیک و در فاز حاد بیماری (48–72 ساعت اول علائم) است؛ مصرف آنتیبیوتیک حتی یک روزه میتواند منجر به منفی کاذب در کشت S. pyogenes یا N. gonorrhoeae شود. بلافاصله پس از نمونهگیری، سواب باید در محیط انتقال مناسب قرار گیرد: برای باکتریهای رایج (مثل استرپتوکوک گروه A، استافیلوکوک، موراکسلای ساینوفارنژیال)، محیطهای عمومی مانند Amies یا Stuart استفاده میشود؛ اما برای عوامل خاص مثلاً Neisseria gonorrhoeae یا Bordetella pertussis محیطهای غنیشده مانند JEMBEC یا Regan-Lowe و برای تشخیص مولکولی (PCR) از ویروسها یا کلامیدیا/مایکوپلاسما، از محیطهای UTM یا VTM (Viral Transport Medium) استفاده میشود که حاوی پروتئین و آنتیبیوتیک برای حفظ RNA/DNA و جلوگیری از رشد کانتامینانتها هستند. سواب خشک (بدون محیط انتقال)، مگر در شرایط بسیار خاص و برای PCR فوری، توصیه نمیشود، چون رطوبت لازم برای بقای میکروبهای حساس (مثل N. meningitidis) نگهداری نمیشود و خطر خشکشدگی، مرگ میکروب و منفی کاذب افزایش مییابد.
از نظر زمان ارسال، سوابها در دمای اتاق تا 2 تا 4 ساعت قابل استفاده هستند، اما برای حمل طولانیتر (تا 24–48 ساعت)، باید در دمای 2 تا 8 درجه سانتیگراد (ولی نه فریزر) نگهداری شوند و تنها در مواردی که ارسال بیش از 48 ساعت طول میکشد، فریزر 70 –درجه برای نمونههای PCR مناسب است. در نهایت، برچسبگذاری دقیق (شامل محل دقیق نمونهگیری: «گلو – لوزه چپ + ترشح» یا «نازوفارنکس – سواب عمیق») برای تفسیر صحیح نتیجه در آزمایشگاه ضروری است، چون گزارش «کشت گلو مثبت برای C. diphtheriae» در صورت نمونهگیری سطحی، بدون اطلاع از روش، قابلیت تصمیمگیری بالینی ندارد.
تشخیص:
نمونهگیری از مسیر تناسلی–ادراری (سرویکال، واژینال و اورترال) باید با دقت بالایی انجام شود، چون هم فلور نرمال غنی است و خطر آلودگی بالاست، و هم بسیاری از عوامل مهم (مانند Chlamydia trachomatis، Neisseria gonorrhoeae، Trichomonas vaginalis، Mycoplasma genitalium و ویروسهای هرپس یا HPV) حساس به روش جمعآوری، محیط نگهداری و زمان ارسال هستند.
سرویکس، در زنان، پس از باز کردن واژین با اسپکولوم و خشک کردن ترشحات سطحی سرویکس با گاز استریل (بدون شستوشو با آنتیسپتیک، چون میتواند عوامل را از بین ببرد)، سواب از داخل کانال سرویکال در عمق حدود 1 تا 2 سانتیمتر وارد شده و با چرخش ملایم 10 تا 30 ثانیهای در محل نگه داشته میشود تا سلولهای اپیتلیال و ترشحات عمقی جمعآوری شوند؛ اگر هدف، بررسی C. trachomatis یا N. gonorrhoeae باشد، اولویت با سواب عمیق داخل کانال است، نه سطح اگزوسرویکس. در واژن، در صورت شک به واژینوز باکتریال (BV)، ترشح واژینال با سواب جمعآوری میشود و آزمایش pH، تست Whiff و بررسی «سلولهای کلیدی» (clue cells) در آزمایشگاه انجام میشود؛ اما برای کشت یا PCR، نمونه باید از دیواره خلفی بالایی واژن گرفته شود نه از دهانه سرویکس یا خروجی ادرار تا آلودگی با فلور ادراری یا سرویکال کاهش یابد.
اورتر: در مردان، سواب از مجرای ادراری در عمق حدود 2 تا 4 سانتیمتر (فقط کافی است که سر سواب دیده نشود) وارد شده و با فشار ملایم و چرخش 10 تا 15 ثانیهای نگه داشته میشود؛ در صورت وجود ترشح مرئی، نمونهگیری از ترشح، حساسیت بیشتری دارد، اما در غیاب ترشح (مثلاً در گونوره خفیف یا کلامیدیا)، سواب عمقی اجتنابناپذیر است.
نوع سواب و محیط انتقال بسیار حیاتی است: برای کشت N. gonorrhoeae، از سواب کالونیدار با سر کربنی یا آلومینیومی و محیط غنیشده مثل JEMBEC یا Transgrow (حاوی CO₂ و آنتیبیوتیک) استفاده میشود و نمونه باید در کمتر از 2 ساعت به آزمایشگاه برسد؛ اما برای تشخیص C. trachomatis، M. genitalium و T. vaginalis، کشت توصیه نمیشود و PCR از نمونههای جمعآوریشده در محیط UTM (Universal Transport Medium) روش طلایی است و در این حالت، حتی ادرار میانریز مردان یا ترشح واژینال/سرویکال زنان در UTM، حساسیت قابل قبولی دارد. سوابهای با فیبر معمولی یا سر چوبی میتوانند حاوی مواد مهارکننده PCR (مانند رزینهای ضد استاتیک یا آنزیمهای گیاهی) باشند و بنابراین غیرقابل استفاده برای تستهای مولکولی هستند. همچنین، در زنان باردار یا با سابقه سقط/زایمان زودرس، غربالگری Streptococcus agalactiae (GBS) با سواب دوگانه از واژن و رکتوم (با یک سواب یا دو سواب جداگانه، ولی همزمان) در هفته 35 تا 37 بارداری انجام میشود و در این فرآیند، شستوشو با بتادین یا الکل قبل از نمونهگیری مجاز نیست. در نهایت، برچسبگذاری دقیق (مثلاً «سرویکال – عمقی، برای PCR کلامیدیا/گونه» یا «اورترال – پس از ترشح، برای کشت گونوره») برای راهنمایی آزمایشگاه در انتخاب محیط و روش ضروری است؛ همچنین، در بیماران با سابقه ایمونولوژیک خاص (مثل کاهش کمپلمان C3/C4، خطر عفونتهای تکرارشونده با استرپتوکوکها یا نایسریا افزایش مییابد، و بنابراین در صورت وجود علائم غیراختصاصی (مانند تب، ضعف عضلانی پروگزیمال همراه با التهاب)، رد عفونت تناسلی–ادراری بهعنوان تریگر ایمنولوژیک (مثلاً برای فعالشدن ضد MI-2β یا ضد GBM) از اهمیت ویژهای برخوردار است و ممکن است نیاز به بررسی همزمان سرولوژی (مانند ASO، Anti-DNase B) یا PCR برای عوامل نایسریایی در نمونههای تناسلی باشد.
بهتر است حداقل 24 ساعت پس از مقاربت و قبل از شروع هرگونه آنتیبیوتیک انجام شود؛ همچنین، در زنان، دوران قاعدگی (بهویژه روزهای سنگین) به دلیل حضور خون و تغییر pH واژن، زمان مناسبی برای نمونهگیری نیست، مگر برای بررسی عفونتهای خاص.
نمونهگیری از مایعات استریل بدن (مانند مایع مفصلی، CSF، پلور و آسیت) یکی از حساسترین و تعیینکنندهترین اقدامات در تشخیص عفونتهای سیستمیک یا موضعی است، چراکه در شرایط طبیعی این مایعات عاری از میکروب هستند و حتی یک میکروب کشتپذیر میتواند نشاندهنده عفونت جدی (مانند سپتیک آرتریت، مننژیت باکتریال، امپیم پلور یا سپتیک آسیتیس) باشد؛ در نتیجه، رعایت کامل شرایط استریل و کیفیت نمونه از اهمیت فوقالعادهای برخوردار است.
نخست، نمونهگیری باید در حین روال اصلی (مثل آرتروسنتز، لوکنت، توراسنتز یا پاراسنتز) و همزمان با جمعآوری سایر نمونهها برای آزمایشگاه انجام شود و ترجیحاً اولین مقدار مایع خارجشده (پس از دور ریختن چند قطره اولیه در مواردی مانند CSF برای کاهش آلودگی پوستی یا خون) برای کشت اختصاص داده شود.
حجم نمونه باید کافی باشد: برای مایع مفصلی، حداقل 1 تا 2 میلیلیتر (ترجیحاً 3–5 ml در مفاصل بزرگ)؛ برای CSF، حداقل 1 ml (در شرایط اورژانس) ولی ایدئال 2 تا 4 ml؛ برای پلور و آسیت، حداقل 5 تا 10 ml. کاهش حجم بهطور مستقیم حساسیت کشت را کاهش میدهد بهویژه در CSF که حجم معمولاً محدود است، استفاده از لولههای خاص کشت خون (مثل BACTEC Pediatric F یا FA/FN با حجم کم) توصیه میشود.
مهمتر از همه، ضد انعقاد مجاز فقط SPS (Sodium Polyanethole Sulfonate) است و باید نمونه مستقیماً در لوله کشت خون (هوایی ± بیهوازی) تزریق شود از EDTA، سیترات یا هپارین کاملاً خودداری شود، چون هم میتوانند رشد میکروبها را مهار کنند و هم در CSF ممکن است منجر به گیجکنندهشدن نتایج (مثلاً تشدید لایهبندی خون یا رسوب پروتئین) شوند.
روش صحیح پس از آسپیراسیون، مایع بدون تأخیر (در عرض چند دقیقه) از سرنگ به لوله کشت خون منتقل شود؛ در صورت نیاز به ارسال به آزمایشگاه دور، نمونه نباید در یخچال یا فریزر قرار گیرد بلکه در دمای اتاق (20–25°C) و در کوتاهترین زمان ممکن (ترجیحاً زیر 2 ساعت) ارسال شود، مگر در شرایط اضطراری که باید حداکثر تا 12 ساعت در 4°C نگهداری شود (با ذکر شرایط در فرم آزمایش). در مورد CSF، در صورت عدم امکان تزریق مستقیم در لوله کشت، میتوان ابتدا 0.5 تا 1 ml را در محیط غنیشده (مثل Tryptic Soy Broth + SPS) ریخت و سپس به آزمایشگاه ارسال کرد، اما این روش حساسیت کمتری نسبت به لولههای خودکار دارد. برای مایع مفصلی، در بیماران با پروتز مفصلی، حتی کشت منفی با وجود التهاب، ممکن است نیاز به بررسی بیشتر (مانند PCR 16S rRNA، سونوگرافی داپلر یا FDG-PET) داشته باشد، چون عواملی مانند Cutibacterium acnes یا Staphylococcus lugdunensis رشد کندی دارند و ممکن است در 5 روز اول کشت منفی بمانند بنابراین، دوره انکوباسیون باید تا 14 روز ادامه یابد. در آسیت، تشخیص Spontaneous Bacterial Peritonitis (SBP) نیازمند کشت مثبت در لوله کشت خون است (نه کشت روی محیط جامد)، چون حساسیت کشت سنتی کمتر از 50% است؛ در این حالت، 10 تا 20 ml از مایع آسیت مستقیماً در یک یا دو لوله کشت خون (ترجیحاً هوایی) تزریق میشود و این کار باید بلافاصله پس از آسپیراسیون و قبل از ارسال برای سایر آزمایشها (مثل شمارش سلولی) انجام شود. در مواردی که حجم نمونه بسیار محدود است (مثلاً CSF در نوزاد با حجم 0.8 ml)، ترجیح با تزریق کل نمونه در یک لوله پدیاتریک هوایی است، نه تقسیم نمونه بین آزمایشهای مختلف. همچنین، در بیماران با سابقه ایمونولوژیک خاص مانند کاهش سطح کمپلمان (C3: 2.17, C4: 0.47, CH50: 7.3) که در شما مشاهده شده خطر عفونت با نایسریا مننژیتیدیس، استرپتوکوک پنومونیه و هملوفیلوس آنفلوآنزا افزایش یافته است، و بنابراین در صورت وجود سندروم التهابی غیراختصاصی (مثل تب، ضعف عضلانی پروگزیمال یا تغییر سطح هوشیاری)، حتی یک CSF با شمارش نرمال سلولی، نیاز به کشت دقیق و PCR برای عوامل کپسوله دارد. در نهایت، نحوه برچسبگذاری باید دقیق باشد: علاوه بر نام بیمار، حتماً محل دقیق (مثلاً «مایع زانو چپ – پس از آرتروسکوپی» یا «CSF – لوکنت L3–L4»)، نوع نمونه («آسیت – کشت مستقیم در BACTEC») و شرایط خاص («بیمار تحت استروئید/ریتوكسیماب») ذکر شود، چون این اطلاعات مستقیماً بر نحوه پردازش و تفسیر نتیجه در آزمایشگاه تأثیر میگذارد.
کشت نمونههای تنفسی شامل expectoration/sputum (خلط)، BAL (Bronchoalveolar Lavage)، Brush (سواپ برونشیال) و Aspirate (آسپیرات ریوی) می باشد.
تشخیص:
نمونهگیری از دستگاه تنفسی برای کشت، یکی از چالشبرانگیزترین مراحل در تشخیص عفونتهای ریوی است، چراکه تنفس فوقانی دارای فلور غنی و غیربیماریزا است و تنها نمونههایی که واقعاً از برونشی–آلوئولار جمعآوری شوند، توانایی تشخیص عفونت ریه (مثل پنومونی باکتریال، آبسه یا سل) را دارند؛ بنابراین، کلید موفقیت، تفکیک خلط واقعی (sputum) از بزاق (saliva) است.
در مورد expectoration/sputum، بیمار باید صبح زود قبل از مسواک زدن دندانها و شستوشوی دهان با آب ساده (بدون دهانشویه ضد میکروبی) و پس از چند نفس عمیق و سرفه عمیق، نمونهای را از عمق قفسه سینه بیرون دهد که چرکی، مخاطی یا خونی باشد؛ نمونههای شفاف، آبکی یا کاملاً مخاطی بدون سلول التهابی، احتمالاً بزاق بوده و نامعتبرند. برای بهبود کیفیت، میتوان قبل از سرفه، از بخور دادن با نمکطبی (NaCl 3–5%) به مدت 5–10 دقیقه استفاده کرد (در صورت عدم ممنوعیت قلبی–ریوی). در مواردی که بیمار قادر به سرفه عمیق نیست (مانند بیماران بستری، تحت مکانیکال ونتیلاسیون یا با نقص شدید هوشیاری)، نمونهگیری از طریق Endotracheal Aspirate (ETA) یا ترجیحاً Bronchoalveolar Lavage (BAL) یا Protected Bronchial Brush (PBB) انجام میشود.
توجه:
بههیچوجه نباید مسواک زد یا از دهانشویه ضد میکروبی (مثل کلرهگزیدین یا بتادین) استفاده کند.
دلیل: مسواک و دهانشویههای ضدباکتریایی، علاوه بر کاهش فلور سطحی دهان، میتوانند میکروبهای بیماریزا از جمله Streptococcus pneumoniae، Haemophilus influenzae و حتی Moraxella catarrhalis را در نمونه خلط از بین ببرند یا غیرفعال کنند. حتی مسواک ساده بدون خمیر، به دلیل مالش مکانیکی و ورود ذرات میکروبی از پلاک دندانی به دهان، میتواند ترکیب فلور نمونه را دستکاری کند و منجر به کاهش حساسیت کشت شود.
در تمام نمونههای تنفسی، زمان ارسال به آزمایشگاه باید کمتر از 2 ساعت باشد؛ در تأخیر، نمونه باید در دمای 4°C نگهداری شود، ولی حتی در این حالت، حداکثر تا 24 ساعت مجاز است با این تفاوت که Streptococcus pneumoniae و Haemophilus influenzae به سرعت دگرانداز شده و ممکن است در کشت منفی باشند، در حالی که Pseudomonas aeruginosa یا Candida همچنان رشد میکنند و میتوانند گمراهکننده باشند.
پس از جمعآوری، نمونه باید مستقیماً در ظرف استریل با درب پیچیشونده قرار گیرد و حجم حداقل 2 تا 3 میلیلیتر (ترجیحاً 5 ml) جمعآوری شود. قبل از کشت، آزمایشگاه باید کیفیت نمونه را بر اساس معیار Bartlett یا Murray–Washington بررسی کند: در میکروسکوپ نوری (با رنگآمیزی گرم)، نسبت سلولهای التهابی (PMN) به سلولهای اپیتلیال باید ≥ 2:1 یا ترجیحاً ≥ 10:1 باشد؛ در غیر این صورت، نمونه رد شده و تکرار درخواست میشود.
BAL با روش استاندارد (تزریق 100–150 ml سالین استریل و بازیابی حداقل 30–50 ml) جمعآوری شده و 10 تا 20 ml آن مستقیماً در ظرف استریل به آزمایشگاه ارسال میشود؛ آستانه تفسیر در BAL متفاوت است: برای کشت کمّی، ≥ 10⁴ CFU/ml برای باکتریهای رایج (مثل S. pneumoniae، H. influenzae) و ≥ 10³ CFU/ml برای عوامل آهستهرشد (مثل Legionella، Nocardia) یا در بیماران تحت درمان ایمونوساپرسیو، معنادار محسوب میشود. Brush protected نیز در صورت رعایت فنی دقیق، با آستانه ≥ 10³ CFU/brush حساسیت بالایی دارد و خطر آلودگی از راه عبور از تنفس فوقانی را کاهش میدهد. مهمتر از همه، برای عوامل خاص مانند Mycobacterium tuberculosis نمونه باید در محیط ضد اسید (مثل محیطهای Liquid MGIT یا Solid LJ) فرستاده شود و در صورت مشکوک بودن به سل، حداقل سه نمونه (دو صبحگاهی متوالی + یک نمونه غیر متوالی) جمعآوری میشود؛ همچنین، برای Legionella، به دلیل رشد سخت در محیط استاندارد، کشت روی محیط BCYE agar و همزمان آزمایش آنتیژن ادرار توصیه میشود. در بیماران با سابقه ایمونولوژیک خاص (مانند کاهش کمپلمان یا وجود آنتیبادیهای خودی مثل MI-2β یا ضد GBM)، عفونت تنفسی میتواند بهعنوان تریگری برای فعالسازی بیماریهای خودایمنی (مثل درماتومیوزیت یا سندروم گودپستور) عمل کند، بنابراین، حتی در صورت کشت منفی، اگر شک بالینی به عفونت تنفسی باقی ماند، بررسی با روشهای مکمل از جمله PCR تنفسی، سرولوژی (IgM/IgG برای Mycoplasma، Legionella، ویروسها) و یا آنتیژن Aspergillus (گالاکتومانان در BAL) ضروری است. در نهایت، نحوه برچسبگذاری باید مشخص کند که نمونه از کجا و چگونه گرفته شده است (مثلاً «Sputum عمیق،» یا «BAL ریه راست فوقانی، بازیابی 45 ml»)، چون این اطلاعات مستقیماً بر نحوه کشت، آستانه تفسیر و احتمال آلودگی تأثیر میگذارد.
در مورد کشت باکتریایی (برای Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, E. coli O157:H7 و غیره)، نمونه باید از محل تازه تخلیه شده (نه از توالت یا کاسه نشیمن) و با استفاده از پد یا قاشق استریل جمعآوری شود، طوری که حداقل 2 تا 5 گرم (معادل یک قاشق غذاخوری پر) در ظرف استریل، ضدنشت و با درب محکم قرار گیرد.
توجه: مدفوع نباید با ادرار یا آب توالت مخلوط شود چون ادرار تروفوزوئیتها را از بین میبرد و آب توالت ممکن است حاوی مواد ضدعفونیکننده باشد که ساختار پارازیتها را دگرانداز میکند. همچنین، در شک به Cryptosporidium یا Cyclospora، که در رنگآمیزی معمولی دیده نمیشوند، نیاز به رنگآمیزی اسیدفیل (Modified Ziehl-Neelsen) یا آزمایش آنتیژن مخصوص (ELISA/ICT) است و نمونه باید در محیط مناسب (مثل 10% فرمالین یا محیطهای تجاری Merifluor یا ImmunoCard) فرستاده شود. در بیماران با سابقه ایمونولوژیک خاص مانند کاهش کمپلمان (C3/C4/CH50 پایین) یا مصرف داروهای سرکوبکننده ایمنی (مانند ریتوكسیماب یا کورتیکواستروئیدها، که در شما به دلیل MI-2β و ضد GBM محتمل است) خطر عفونت با پاتوژنهای فرصتطلب (مثل Cryptosporidium, Microsporidia, Strongyloides stercoralis با سندرم هایپراینتفکشن) افزایش مییابد، و بنابراین، حتی در صورت منفی بودن سه نمونه معمولی، در صورت وجود علائم مزمن (اسهال، کاهش وزن، ائوزینوفیلی)، نیاز به تستهای تکمیلی مانند:
PCR پنل گوارشی (GI Pathogen Panel)، ELISA برای آنتیژن Giardia/Cryptosporidium، سرولوژی ضد trongyloides (IgG)، و در صورت لزوم، بررسی مدفوع با رنگآمیزی تریکروم یا کشت خاص ضروری است. در نهایت، نحوه برچسبگذاری باید مشخص کند که نمونه برای چه منظوری جمعآوری شده (مثلاً «مدفوع – کشت باکتری + فیکساتیو برای پارازیت» یا «مدفوع تازه – برای توکسین C. difficile»)، چون این اطلاعات مستقیماً بر نحوه پردازش در آزمایشگاه تأثیر میگذارد.
مهمتر از حجم، تازگی نمونه است ترجیحاً ظرف 2 ساعت پس از تخلیه، به آزمایشگاه ارسال شود. در صورت تأخیر، تنها در صورتی که امکان ارسال فوری نباشد، میتوان نمونه را حداکثر تا 24 ساعت در دمای 4°C (یخچال، نه فریزر) نگهداری کرد، اما در این حالت، حساسیت کشت برای Campylobacter jejuni (که به سرعت میمیرد) بهشدت کاهش مییابد. در شک به Clostridioides difficile، نمونه باید کاملاً تازه (ترجیحاً زیر 2 ساعت) و بدون یخچال جمعآوری شود، چون توکسینهای A/B در دمای پایین تخریب میشوند؛ در این حالت، کشت مستقیم کمککننده نیست و روش اصلی، آزمایش توکسین با الایزا یا PCR برای ژن tcdB است که باید در محیط خاص (مثل Cary-Blair یا محیطهای حفاظتی توکسین) ارسال شود. برای بررسی پارازیت (هم تخمکرمها و هم پروتوزواهای زنده مانند Giardia و Entamoeba histolytica)، استراتژی متفاوت است: به دلیل ناپایداری فرمهای تروفوزوئیت، حداقل سه نمونه با فاصله 2–3 روز توصیه میشود چون تخمکرمها و سیستها بهصورت پالسی دفع میشوند و یک نمونه، حساسیت کمتر از 50% دارد. هر نمونه باید در ظرف حاوی فیکساتیو مناسب (معمولاً 10% فرمالین برای تخمها و سیستها، یا SAF/میلیپور برای میکروسکوپی تروفوزوئیت) جمعآوری شود؛ نمونه تازه بدون فیکساتور فقط در صورتی قابل استفاده است که ظرف 30–60 دقیقه به آزمایشگاه برسد (برای بررسی حرکت تروفوزوئیت Giardia یا Trichomonas intestinalis). در صورت غیرممکن بودن این شرایط (که در بیشتر مراکز عملی نیست)، استفاده از فیکساتیو الزامی است.
بخش میکروب شناسی در حال حاضر آماده انجام موارد زیر می باشد: