با توجه به اهمیت کنترل کیفیت در کسب نتایج مطلوب آزمایشها، بخش کنترل کیفیت آزمایشگاه به صورت مستقل ایجاد شده است. به این منظور، کلیه بخشهای فنی آزمایشگاه مجهز به نرمافزار مستقل کنترل کیفی برای ارزیابی عملکرد هستند.
در سیستم مدیریت کیفیت تمامی فرآیندهای آزمایشگاه، مستندسازی شده و شاخصهای مربوط بهصورت مستمر تحت پایش و اندازهگیری قرار دارند که منجر به اطمینان از عملکرد بخشهای مختلف آزمایشگاه میشود. همچنین ارتباط مستمر واحد نظارت و ارزیابی آزمایشگاه با پزشکان محترم بالینی نقش بسیار مهمی در ارزیابی و بازنگری فنی عملکرد آزمایشگاه دارد.